Основное предназначение МЗК - очистка. При движении комплекса, скребковые питатели, не повреждая структуру зерна, захватывают зерновой материал и подводят к подъемной трубе загрузочного транспортера, который передает материал в очистительную камеру. Зерновая масса проходит два этапа обработки, в рамках которых удаляются примеси, ворох и прочие излишние компоненты, которых не должно быть в чистом продукте. Конструкция комплекса рассчитана таким образом, чтобы все загрязнения тщательно удалялись. Вывод легких примесей осуществляется при помощи шнека. Очищенная зерновая масса поступает на транспортер и выводится из комплекса. При помощи поворотного носка выгрузной трубы очищенный материал направляется в кузов транспортного средства с высотой бортов до 4,5 м, либо складируется в бурты, высотой до 8 м и дальностью до 25 м.